Booking.com è nata nel 2000 dalla fusione tra bookings.nl e Bookings Online. Ha assunto la url di quest’ultima, Bookings.org, sebbene poi la “s” sia stata rimossa.
Nel 2002, un altro colosso del settore, Expedia, si è rifiutato di acquistare la parte di bookings.nl.
Tre anni dopo, invece, la società è stata acquisita da Priceline Group (ora chiamata Booking Holdings) per 133 milioni di dollari . Avviando poi una collaborazione con ActiveHotels.com. Società specializzata nelle prenotazioni online di camere Hotel, già rilevata quasi un anno prima per 161 milioni di dollari.